Khi khai bổ sung cho một kỳ đã qua, nội dung nghĩa vụ — thuế suất, mức giảm thuế, mức giảm trừ gia cảnh, ngưỡng, luật áp dụng — là của kỳ phát sinh nghĩa vụ đó, không phải của ngày khai bổ sung. Còn thủ tục — hồ sơ, mẫu biểu, cách nộp — theo quy định quản lý thuế đang hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ bổ sung, trừ khi điều khoản chuyển tiếp nói khác.
Nguyên tắc nghe đơn giản nhưng giai đoạn 2025–2026 có quá nhiều thay đổi nên rất dễ lẫn: hoá đơn sót của tháng 6/2025 và của tháng 8/2025 nằm ở hai bên mốc Luật Thuế GTGT mới; quyết toán bổ sung năm 2025 không dùng giảm trừ 15,5 triệu; thuế TNDN năm 2024 và năm 2025 theo hai luật khác nhau. Bài này đi qua từng loại và phần tiền chậm nộp đi kèm.
Nguyên tắc: nội dung theo kỳ, thủ tục theo hiện hành
| Phần | Theo quy định của | Ví dụ |
|---|---|---|
| Thuế suất, mức giảm thuế | Thời điểm phát sinh (thời điểm lập hoá đơn, kỳ tính thuế) | Hoá đơn lập trong thời gian giảm 2% thì bổ sung theo mức giảm |
| Giảm trừ gia cảnh, biểu thuế luỹ tiến | Kỳ tính thuế của thu nhập | Bổ sung quyết toán 2025 dùng giảm trừ của kỳ 2025 |
| Luật thuế TNDN | Kỳ tính thuế | Năm 2024 theo luật cũ; năm 2025 theo Luật 67/2025/QH15 |
| Mẫu tờ khai, bản giải trình, cách nộp | Văn bản quản lý thuế hiện hành, điều khoản chuyển tiếp | Hồ sơ bổ sung nộp sau 1/7/2026 đối chiếu Thông tư 89/2026/TT-BTC |
| Tiền chậm nộp | Quy định về tiền chậm nộp theo từng giai đoạn | Tính theo ngày từ hạn nộp của kỳ gốc |
Phần mềm kế toán và hệ thống khai thuế điện tử thường có sẵn bộ mẫu theo kỳ; nhưng các thông số người khai tự nhập (thuế suất từng dòng, mức giảm trừ) thì phần mềm không tự biết là của năm nào. Kiểm tra lại từng thông số trước khi nộp.
Thuế GTGT: bổ sung hoá đơn sót của kỳ cũ
Hai tình huống hay gặp: hoá đơn đầu vào của kỳ trước bị sót chưa kê khai, và doanh thu đầu ra bị sót (hoá đơn đã lập nhưng không đưa vào tờ khai).
- Thuế suất của từng dòng là mức ghi trên hoá đơn, đúng theo thời điểm lập hoá đơn. Hoá đơn lập trước 1/7/2025 theo luật cũ; từ 1/7/2025 theo Luật 48/2024/QH15; hoá đơn trong thời gian giảm 2% thì mức giảm.
- Điều kiện khấu trừ đầu vào cũng theo quy định của kỳ đó. Với hoá đơn từ 1/7/2025, hoá đơn mua vào từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
- Hoá đơn sai của kỳ cũ cần điều chỉnh: lập hoá đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo quy định hoá đơn hiện hành, nhưng thuế suất của phần điều chỉnh đi theo hoá đơn gốc.
Với thuế GTGT đầu vào bị sót, cần kiểm tra quy định hiện hành về việc kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hay được kê khai vào kỳ phát hiện — đây là điểm đã có thay đổi qua các lần sửa văn bản.
Thuế TNCN và TNDN: năm nào luật nấy
Thuế TNCN. Tổ chức trả thu nhập phát hiện sót một khoản thưởng năm 2025 chưa khấu trừ: khai bổ sung tờ khai khấu trừ của kỳ đã trả, và quyết toán bổ sung năm 2025 theo biểu thuế và mức giảm trừ của kỳ 2025. Cá nhân tự quyết toán bổ sung năm 2025 cũng vậy — không dùng 15,5 triệu và 6,2 triệu, là mức của kỳ 2026.
Thuế TNDN. Khai bổ sung quyết toán năm 2024 dùng luật cũ và các quy định về chi phí được trừ của năm 2024. Khai bổ sung năm 2025 dùng Luật 67/2025/QH15 (20%; 15% hoặc 17% theo mốc 3 tỷ, 50 tỷ nếu đủ điều kiện). Một lưu ý riêng: khai bổ sung làm tăng doanh thu năm 2025 có thể làm doanh nghiệp vượt mốc 3 tỷ hoặc 50 tỷ, kéo theo đổi thuế suất của cả năm — không chỉ cộng thêm thuế trên phần bổ sung.
Thuế của hộ kinh doanh các năm còn nộp khoán: nghĩa vụ xác định theo phương pháp đang áp dụng trong năm đó. Phát hiện doanh thu thực tế khác nhiều so với mức khoán có thể dẫn tới xác định lại theo quy định về hộ khoán — hỏi thuế cơ sở.
Tiền chậm nộp: tính từ hạn nộp của kỳ gốc
Khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp thì phát sinh tiền chậm nộp, tính theo ngày trên số thuế tăng thêm, từ ngày tiếp sau hạn nộp của kỳ gốc tới ngày nộp tiền. Mức lâu nay là 0,03%/ngày; kiểm tra mức hiện hành theo văn bản quản lý thuế đang hiệu lực.
Minh hoạ bằng ký hiệu: số thuế tăng thêm là S, số ngày từ sau hạn nộp kỳ gốc tới ngày nộp là N. Tiền chậm nộp = S × 0,03% × N (với mức lâu nay). Vì N tính từ kỳ gốc, sai sót của năm càng xa thì tiền chậm nộp càng lớn, dù số thuế gốc nhỏ.
Khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp thì số đã nộp thừa được bù trừ vào kỳ sau hoặc đề nghị hoàn theo quy định. Không tự trừ vào tờ khai kỳ hiện tại.
Ngoài tiền chậm nộp, khai sai dẫn tới thiếu thuế có thể bị xử phạt hành chính; mức và điều kiện miễn, giảm phạt khi tự phát hiện tra ở văn bản xử phạt hiện hành.
Khi nào không còn tự khai bổ sung như bình thường
Theo Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ khai thuế có sai sót trong thời hạn luật cho phép, nhưng trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở. Sau khi đã công bố:
- Với kỳ nằm trong phạm vi kiểm tra, thanh tra, việc khai bổ sung bị giới hạn theo quy định (thường chỉ khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, và vẫn có thể bị xử lý về hành vi khai sai).
- Với kỳ ngoài phạm vi kiểm tra, người nộp thuế vẫn khai bổ sung theo thủ tục thông thường.
Vì vậy rà soát định kỳ và tự khai bổ sung sớm luôn tốt hơn chờ tới khi có quyết định kiểm tra. Từ 1/7/2026, trình tự chi tiết đối chiếu Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Bảng tra: nhóm — căn cứ tính — nơi tra mức hiện hành
| Nhóm | Căn cứ tính khi bổ sung | Quy định áp dụng | Nơi tra |
|---|---|---|---|
| GTGT kỳ trước 1/7/2025 | Giá tính thuế × thuế suất theo luật cũ | Luật cũ, mức giảm của đợt lúc đó nếu có | Văn bản về GTGT và giảm thuế có hiệu lực tại kỳ đó |
| GTGT từ 1/7/2025 | Giá tính thuế × 0%, 5%, 10% hoặc mức giảm | Luật 48/2024/QH15 | Luật 48/2024/QH15; Nghị định 181/2025/NĐ-CP |
| TNCN kỳ 2025 | Thu nhập tính thuế theo giảm trừ kỳ 2025 | Quy định áp cho kỳ 2025 | Văn bản thuế TNCN hiệu lực cho kỳ 2025 |
| TNCN kỳ 2026 | Giảm trừ 15,5 và 6,2 triệu đồng/tháng | Nghị quyết 110/2025/UBTVQH15 | Nghị định 253/2026/NĐ-CP; Thông tư 87/2026/TT-BTC |
| TNDN kỳ 2025 trở đi | Thu nhập tính thuế × 20%, 15%, 17% | Luật 67/2025/QH15 | Luật và nghị định hướng dẫn |
| Tiền chậm nộp | Số thuế tăng × mức/ngày × số ngày từ hạn kỳ gốc | 0,03%/ngày theo quy định lâu nay | Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14; văn bản hiện hành |
Tự kiểm tra ở đâu
- Tài khoản thuế điện tử: tờ khai gốc của kỳ cần bổ sung, số đã nộp, và chức năng khai bổ sung theo kỳ.
- Cổng hoá đơn điện tử: tra lại hoá đơn đầu ra, đầu vào của kỳ cũ, thuế suất đúng như đã ghi.
- Chứng từ khấu trừ, sao kê ngân hàng của kỳ cũ: căn cứ cho phần bổ sung. Chứng từ kế toán lưu ít nhất 10 năm theo Luật Kế toán, nên tài liệu của vài năm trước vẫn phải còn.
- Thuế cơ sở quản lý: hỏi khi kỳ cần bổ sung nằm vắt qua mốc thay đổi luật hoặc đang có kiểm tra.
Cách xác định thuế suất cho giao dịch vắt qua mốc có ở bài cùng một giao dịch nhưng rơi vào hai kỳ.
Câu hỏi thường gặp
Khai bổ sung năm 2024 bây giờ thì dùng mẫu tờ khai nào?
Mẫu và thủ tục theo quy định quản lý thuế hiện hành và điều khoản chuyển tiếp; hệ thống khai thuế điện tử thường cung cấp mẫu phù hợp với kỳ được chọn. Còn thuế suất và các thông số tính thuế vẫn là của năm 2024.
Sót hoá đơn đầu vào năm ngoái có được kê khai vào kỳ này không?
Tuỳ quy định hiện hành về kê khai bổ sung thuế GTGT đầu vào; cách xử lý đã thay đổi qua các lần sửa văn bản. Kiểm tra quy định hiện hành trước khi đưa vào kỳ phát hiện hay khai bổ sung kỳ gốc.
Tự phát hiện sai và khai bổ sung có bị phạt không?
Tiền chậm nộp vẫn phát sinh nếu thiếu thuế. Về xử phạt, pháp luật có quy định riêng cho trường hợp người nộp thuế tự phát hiện và khai bổ sung trước khi cơ quan thuế kiểm tra; tra văn bản xử phạt hiện hành.
Khai bổ sung làm doanh thu năm 2025 vượt 3 tỷ đồng thì sao?
Nếu tổng doanh thu năm vượt mốc 3 tỷ đồng, doanh nghiệp có thể không còn đủ điều kiện mức 15% mà chuyển sang 17% cho cả năm, nên phải tính lại thuế cả năm chứ không chỉ phần bổ sung.
Người lao động đã nghỉ việc thì tổ chức có khai bổ sung khấu trừ cho họ được không?
Được. Nghĩa vụ khấu trừ gắn với khoản đã trả trong kỳ, không phụ thuộc người lao động còn làm việc hay không. Tổ chức nên thông báo để người lao động biết khi họ tự quyết toán.
Khai bổ sung giảm số thuế thì bao lâu được hoàn?
Số nộp thừa được bù trừ hoặc hoàn theo thủ tục hoàn thuế hiện hành; thời gian phụ thuộc loại thuế và việc hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hay hoàn trước. Theo dõi trên tài khoản thuế điện tử.
